Jaja są produktem nietrwałym. Przez kilkanaście dni można świeże jaja przetrzymywać w chłodziarce lub w chłodnym, przewiewnym pomieszczeniu. Jaja można zabezpieczyć przed wysychaniem przez posmarowanie skorupek wazeliną lub dokładne zawinięcie w papier pergaminowy.
Należy uważać, aby jaja nie stykały się z innymi produktami, szczególnie przeznaczonymi do bezpośredniego spożycia (kiełbasa, sery, masło itp.), ze względu na możliwość zanieczyszczenia ich drobnoustrojami, które występują na skorupce jaja. Nie można również przechowywać jaj obok produktów wydzielających silne zapachy, gdyż porowata skorupka wchłania je, co obniża wartość smakową jaja.
Skorupki jaj bywają często zanieczyszczone. Wśród różnych drobnoustrojów na skorupce mogą znajdować się także bakterie chorobotwórcze, najczęściej bakterie paradurów (zwłaszcza na jajach kaczych i gęsich). Bakterie mogą stać się przyczyną zakażenia masy jajowej, dlatego bezpośrednio przed użyciem do potraw należy jaja starannie umyć.
Ocena świeżości jaj
Świeżość jaj w skorupce można sprawdzić domowym sposobem, prześwietlając je nad żarówką lub zanurzając w 10-procentowym roztworze soli (na 1 l wody – – 10 dkg soli). Jajo świeże opada powoli na dno naczynia, gdyż jest ciężkie (ma niewielką komorę powietrzną), jajo mniej świeże utrzymuje się w środku roztworu, a nieświeże — na powierzchni (jest częściowo wyschnięte i ma większą komorę powietrzno-gazową). Sprawdzanie świeżości jaja przez potrząsanie nim nie jest miarodajne, gdyż często jajo nawet świeże „chlupocze” z powodu zerwanych chalaz.
Świeżość jaja można także ocenić po wybiciu go na płaski talerzyk. Jajo świeże ma przyjemny, świeży zapach, wypukłe żółtko występujące ponad lekko rozlewającą się rzadszą część białka; geściej sza część białka przylega do żółtka. Jajo dłużej przechowywane rozlewa się szerzej na talerzyku, a żółtko jest mniej wypukłe. Jaja zepsute mają nieprzyjemny, charakterystyczny zapach, zmienioną barwę i konsystencję; białko na talerzyku rozlewa się szeroko, żółtko jest spłaszczone, czasem rozlane, wymieszane z masą białka.